Mit den üblichen Webbrowsern bewegen wir uns an der Oberfläche des Internets. Diese Ebene wird auch gerne als „Surface Web“ bezeichnet. Das Deep Web hingegen sind die Bereiche, die von den üblichen Suchmaschinen nicht (mehr) angezeigt werden bzw. nicht (mehr) in deren Suchergebnissen auftauchen. Hierbei handelt es sich zum Beispiel um Fach-Datenbanken, geschlossene Benutzergruppen, Inhalte von Firmenseiten (die hinter einem Login liegen) usw. oder auch einzelne interne Dokumente im PDF- oder DOC-Dateiformat.
Beim Deep Web findet in der Regel keine Verschlüsselung und Anonymisierung statt, die eine spezielle Software für den Zugang voraussetzen. Damit unterscheidet es sich klar vom Dark Web, dessen ursprüngliche Intention der Nichtnachverfolgbarkeit oft auch von illegalen Kreisen missbraucht wird.